常用的诱导视觉可识别特征的报告基因通常涉及荧光和发光蛋白。例子包括编码水母绿色荧光蛋白 (GFP) 的基因，该基因可使表达该蛋白的细胞在蓝光或紫外线下发出绿光，酶荧光素酶可催化与荧光素的反应产生光，以及来自基因 dsRed [fr] 的红色荧光蛋白。GUS 基因已在植物中广泛使用，但荧光素酶和 GFP 正变得越来越普遍。
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