统计检验用于比较各组间的免疫浸润差异,通过定量分析特定免疫细胞的浸润水平,评估它们在不同条件或组别下的显著性变化。常用方法包括t检验、Mann-Whitney U检验、ANOVA或Kruskal-Wallis检验,选择依据数据分布及样本特点。这些分析可揭示免疫微环境特征,助力探索疾病机制、预测治疗效果或筛选潜在生物标志物,为精准医学提供数据支持。
the distribution of extensive immune infiltration | ViaDean
背景知识
在 Python 中,统计检验可用于比较不同组之间的免疫浸润情况。常见的分析方法包括 t 检验、单因素方差分析(ANOVA) 和 非参数检验(如 Mann-Whitney U 检验、Kruskal-Wallis 检验)。以下是实现过程:
假设你有一个数据集,包含以下信息:
以下是数据框的结构:
Sample ID Group Immunoinfiltration
1 A 0.8
2 A 0.6
3 B 1.2
4 B 1.5
...
首先安装常用的库:
pip install numpy pandas scipy seaborn matplotlib
import pandas as pd
import numpy as np
from scipy.stats import ttest_ind, mannwhitneyu, f_oneway, kruskal
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
# 假设数据保存在 CSV 文件中
data = pd.read_csv("immune_infiltration.csv")