用 edgeR 估计差异表达 | 用 edgeR 估计差异表达 | 使用 powsimR 进行功效分析 | 使用 GRanges 对象查找未注释的转录区域 | 使用bumphunter从头开始查找显示高表达的区域 | 微分峰分析 | 使用 SVA 估计批次效应 | 使用 AllelicImbalance 寻找等位基因特异性表达 | 绘制和呈现 RNAseq 数据
https://embed.notionlytics.com/wt/ZXlKd1lXZGxTV1FpT2lKaFpHSm1PV1EyTmpRMU56VTBaak5sT0dSaE1XVmhORGswTmpreE16a3dZaUlzSW5kdmNtdHpjR0ZqWlZSeVlXTnJaWEpKWkNJNklsZHNTR2hsVEZSUFdXeHpaVmRhUW1ZNU1YQmxJbjA9
使用 VariantTools 在序列数据中查找 SNP 和插入缺失 | 预测长参考序列中的开放读取框 | 使用 karyoploteR 在遗传图谱上绘制特征 | 寻找替代转录亚型 | 使用 VariantAnnotation 选择和分类变体 | 在感兴趣的基因组区域中提取信息 | 寻找与 GWAS 的表型和基因型关联 | 估计感兴趣位点的拷贝数
寻找具有通用基序的 DNA 基序 | 使用 PFAM 和 bio3d | 查找蛋白质结构域 | 查找 InterPro 结构域 | 执行基因或蛋白质的多重比对 | 使用 DECIPHER 对齐基因组长度序列 | 机器学习用于蛋白质中的新特征检测 | 使用 bio3d 进行 3D 结构蛋白质对齐
使用 SeqinR 检索基因组序列数据:
例如，您在上面学习了如何从 NCBI 网站检索具有 NCBI 登录号 NC_001477 的 DEN-1 登革热病毒基因组序列。 要检索具有特定 NCBI 加入的序列，您可以使用下面的 R 函数“getncbiseq()”，您首先需要将其复制并粘贴到 R 中：
> getncbiseq <- function(accession)
{
require("seqinr") # this function requires the SeqinR R package
# first find which ACNUC database the accession is stored in:
dbs <- c("genbank","refseq","refseqViruses","bacterial")
numdbs <- length(dbs)
for (i in 1:numdbs)
{
db <- dbs[i]
choosebank(db)
# check if the sequence is in ACNUC database 'db':
resquery <- try(query(".tmpquery", paste("AC=", accession)), silent = TRUE)
if (!(inherits(resquery, "try-error")))
{
queryname <- "query2"
thequery <- paste("AC=",accession,sep="")
query(`queryname`,`thequery`)
# see if a sequence was retrieved:
seq <- getSequence(query2$req[[1]])
closebank()
return(seq)
}
closebank()
}
print(paste("ERROR: accession",accession,"was not found"))
}
将函数 getncbiseq() 复制并粘贴到 R 中后，您可以使用它从 NCBI 核苷酸数据库中检索序列，例如 DEN-1 登革热病毒的序列（登录号 NC_001477）：
> dengueseq <- getncbiseq("NC_001477")
变量 dengueseq 是包含核苷酸序列的载体。 载体的每个元素都包含该序列的一个核苷酸。 因此，要打印出该序列的某个子序列，我们只需键入向量 dengueseq 的名称，然后输入包含这些核苷酸索引的方括号。 例如，以下命令打印出 DEN-1 登革热病毒基因组序列的前 50 个核苷酸：
> dengueseq[1:50]
[1] "a" "g" "t" "t" "g" "t" "t" "a" "g" "t" "c" "t" "a" "c" "g" "t" "g" "g" "a"
[20] "c" "c" "g" "a" "c" "a" "a" "g" "a" "a" "c" "a" "g" "t" "t" "t" "c" "g" "a"
[39] "a" "t" "c" "g" "g" "a" "a" "g" "c" "t" "t" "g"
请注意，dengueseq[1:50] 指的是向量 dengueseq 的元素，其索引为 1-50。这些元件包含 DEN-1 登革热病毒序列的前 50 个核苷酸。
使用 ape 和 treeio 读写各种树格式 | 使用 ggtree 快速可视化许多基因的树 | 用树空间量化树之间的距离 | 使用 ape 提取和处理子树 | 为对齐可视化创建点图 | 使用 phangorn 从路线重建树木
使用 phyloseq 加载分层分类数据 | 使用元编码器进行稀疏计数以校正样本差异 | 使用dada2从原始读取中读取扩增子数据 | 在元编码器中使用热树可视化分类丰度 | 使用纯素计算样本多样性 | 将序列文件拆分为可操作的分类单元